Xây dựng

Năm 1698, khi Thống suất Nguyễn Hữu Cảnh vào đến xứ Đồng Nai, thì vùng đất ấy đã khá trù phú với một thương cảng sầm uất, đó là Cù lao Phố.

Để có nơi bảo tồn, phát huy và tôn vinh các giá trị văn hóa giáo dục xưa và nay của dân tộc Việt ở vùng đất mới, 17 năm sau, tức năm Ất Mùi (1715), chúa Nguyễn Phúc Chu sai trấn thủ Nguyễn Phan Long và ký lục Phạm Khánh Đức xây dựng Văn miếu Trấn Biên. Đây là "Văn miếu" đầu tiên được xây dựng tại xứ Đàng Trong, có trước cả văn miếu ở Vĩnh Long, Gia Định và Huế.

Sách Gia Định thành thông chí của Trịnh Hoài Đức, ghi:

Và theo mô tả của Đại Nam nhất thống chí, thì Văn miếu Trấn Biên được xây dựng trên thế đất đẹp: Phía nam trông ra sông Phước Giang, phía bắc dựa vào núi Long Sơn, là một nơi cảnh đẹp thanh tú, cỏ cây tươi tốt...Bên trong rường cột chạm trổ, tinh xảo... Trong thành trăm hoa tươi tốt, có những cây tòng, cam quýt, bưởi, hoa sứ, mít, xoài, chuối và quả hồng xiêm đầy rẫy, sum sê, quả sai lại lớn....

Trước năm 1802, hằng năm, đích thân chúa Nguyễn Phúc Ánh đến Văn miếu Trấn Biên để hành lễ hai lần vào mùa xuân và mùa thu. Nhưng từ khi chúa Nguyễn lên ngôi ở Huế, thì quan tổng trấn thành Gia Định, thay mặt vua, cùng với trấn quan Biên Hòa và quan đốc học đến hành lễ...

Tương tự Văn miếu Huế, bên cạnh có Quốc tử giám để giảng dạy học trò. ở Biên Hòa, bên cạnh Văn miếu Trấn Biên là Tỉnh học (trường học tỉnh Biên Hòa). Trường học lớn của cả tỉnh này mãi đến đời vua Minh Mạng mới dời về thôn Tân Lại (nay thuộc phường Hòa Bình, Biên Hòa). Như vậy, ngoài vai trò thờ phụng, Văn miếu Trấn Biên còn đóng vai trò như một trung tâm văn hóa, giáo dục của tỉnh Biên Hòa xưa và của cả Nam Bộ trước khi Văn miếu Gia Định ra đời vào năm .

Trùng tu

Văn miếu Trấn Biên có hai lần được trùng tu lớn:Lần trùng tu thứ nhất vào năm Giáp Dần (1794). Khi ấy, chúa Nguyễn Phúc Ánh sai Lễ bộ Nguyễn Hồng Đô lo việc trùng tu, "giữa làm Đại Thành điện và Đại Thành môn, phía Đông làm Thần miếu, phía Tây làm Dục Thánh từ, trước xây tường ngang, phía tả có cửa Kim Thanh, phía hữu có cửa Ngọc Chấn, chính giữa sân trước dựng Khuê Văn các treo trống chuông trên đấy, phía tả có Sùng Văn đường, phía hữu có Duy Lễ đường. Chu vi bốn mặt ngoài xây thành vuông, mặt tiền làm cửa Văn miếu, phía tả phía hữu có cửa Nghi môn, rường cột chạm trổ, quy chế tinh xảo, đồ thờ có những thần bái, khám vàng, ve chén và đồ phủ quỹ biên đậu đều chỉnh nhã tinh khiết" (theo Trịnh Hoài Đức - Gia Định thành thông chí).

Lần trùng tu thứ hai vào năm Tự Đức thứ 5 (Nhâm Tý, 1852). Sau khi hoàn thành văn miếu có quy mô lớn hơn trước: "Văn miếu chính đường và tiền đường đều 5 gian, lại dựng thêm 2 dãy tả vu và hữu vu, mỗi dãy 5 gian, đền Khải Thánh, chính đường và tiền đường đều 3 gian, một tòa cửa giữa 3 gian, một tòa cửa trước 1 gian, một tòa kho đồ thờ 3 gian, một tòa Khuê Văn các 2 tầng, ba gian hai chái; phía trước, biển "Đại Thành điện" đổi làm "Văn miếu điện" và "Khải Thánh điện" đổi làm "Khải Thánh từ"

Được khôi phục

Ngày 9 tháng 12 năm 1998, một công trình mới mang tên Văn miếu Trấn Biên được khởi công khôi phục lại trên nền văn miếu cũ tại phường Bửu Long, TP. Biên Hòa, tỉnh Đồng Nai; cách trung tâm thành phố khoảng 3 km, và gần Trung tâm Văn hóa Du lịch Bửu Long trong phạm vi khoảng 2 ha, với số tiền đầu tư gần 20 tỷ đồng.

Công trình được khánh thành vào ngày mùng 3 Tết Nhâm Ngọ (nhằm ngày 14 tháng 2 năm 2002) với tổng diện tích gần 5 ha, trong đó khu trung tâm rộng khoảng 2 ha

Ngày 18 tháng 8 năm 2016, Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch đã có quyết định về việc xếp hạng cấp Quốc gia di tích lịch sử Văn miếu Trấn Biên.